Rodolfo tenía 27 años. El 11 de marzo de 2004 subió a un tren en Alcalá de Henares, su ciudad natal. Fue asesinado ese día, junto a otras 191 personas, en los atentados terroristas cometidos en la red de cercanías de Madrid. La Fundación Rodolfo Benito Samaniego nació para honrar su memoria y la de todas las víctimas del terrorismo.
El Patronato convoca la I Beca de derechos humanos Rodolfo Benito Samaniego para estudiantes de la XXI edición del Máster en Derechos Fundamentales del Instituto de Derechos Humanos "Bartolomé de las Casas" (curso 2018/2019).